VirtualDub (wurde schon empfohlen) ist die beste Lösung, wenn man nicht was weiss ich für Effekte braucht. Nur paar MB gross, kostenlos, open source.
Die Dauer des Schnittvorgangs hängt davon ab, ob du das Video komplett neu komprimierst, was teilweise mehrere Stunden dauern kann und eigentlich überflüssig ist, wenn man nur einpaar Stellen rausschneiden will. Bei VirtualDub würde man das verhindern, indem man bei "Video" -> "Direct stream copy" wählt. Mit dieser Einstellung sollte es nur einpaar Sekunden/Minuten dauern.
Falls deine Videos MPEG2 sind, brauchst du eine modifizierte Version von VirtualDub:
http://fcchandler.home.comcast.net/stable/